El escudo del Burgos Club de Fútbol, por el que miles de aficionados han reconocido al equipo en otras latitudes, fue diseñado por Manuel Martínez, aficionado al deporte y delineante de profesión. La junta directiva de la Gimnástica de Burgos se lo encargó en el año 1947. De los diferentes modelos que presentó el autor, fue elegido el conocido popularmente, el cual presenta dos modificaciones con respecto al original: el nombre de Burgos Club de Fútbol, en vez de Gimnástica de Burgos como fue concebido en primera instancia; y la corona actual, que es imitación de la del escudo de Castilla.
En la temporada 1947-48, según los datos publicados por la Voz de Castilla, los jugadores de la Gimnástica ya lucieron este escudo en sus camisetas.
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